ゼルダの伝説「ムジュラの仮面」は、前作の「時のオカリナ」と同じ世界観で時系列がつながるストーリーとなっています。
ムジュラの仮面のあらすじは？ゼルダの伝説
ハイラルの世界を巨悪から救うと元の時代に戻り、その後人前から姿を消し、愛馬のエポナとともに全国を放浪するリンク少年、ある霧深い森で不思議な世界に迷い込む
そこは本家ハイラルとはどこか違うが同じ、パラレルワールド。
呆然としていると謎の仮面をつけたスタルキッド(小鬼)に愛馬のエポナを強奪される
スタルキッドの周りを飛び回ってる友人らしい姉弟の妖精の姉、チャットを捕獲するがスタルキッドは弟妖精と共に逃亡。
自分を置いて逃げた上、弟を無下に扱うスタルキッドに腹を立てたチャットはリンクと共にスタルキッドをとっちめることを決意。
スタルキッドを追いかけていくと、とある町に出る。
その町では３日後に祭りが開催されるのだが、段々と空の月が大きくなってこのままでは月が落下するのでは？と噂されていた。
リンクが町を歩いていると、お面屋に出くわす。
何でも森でスタルキッドに呪いの「ムジュラの仮面」を奪われてしまったことをお面屋はリンクに告げる。
そして段々近づきつつある月は、ムジュラの仮面に操られたスタルキッドが月を召還しようとしているからということも伝えられる。
スタルキッドの野望を阻止し、この世界を守ることを決めたリンクはスタルキッドを探して回る。
そして祭りの当日、月が落ちてくる日に、祭りのやぐらの上でリンクはスタルキッドと対決する。
しかしスタルキッドは強敵で時間だけが過ぎていく、もう月が落ちてくる！といった瞬間。
ゼルダ姫から貰った時のオカリナが輝きだす。
リンクは咄嗟に、ゼルダから教わった「時の歌」を演奏する。すると世界は３日前に戻ったのだった。
リンクは、ムジュラの仮面に操られたスタルキッドを助け、月の落下を止めるために
この世界を救うという伝説の４人の巨人を探してこの世界を冒険することになった。
ムジュラの仮面のストーリーは？ゼルダの伝説
リンクは時を越えた旅（時のオカリナ）を終え、別れた相棒のナビィを探す旅に出かけます。
リンクは妖精のいると言われる森に行きます。そこでムジュラの仮面を被ったスタルキッドに襲われ、時のオカリナとエポナを盗まれてしまいます。
リンクはスタルキッドを追いかけますが、追いついた先に待ちかまえていたスタルキッドにリンクはデクナッツ族（以後デク、デクリンク）の姿に変えられてしまい、そこでスタルキッドに置いていかれてしまった妖精のチャットとともに、デクの姿に変わったリンクはその姿のまま森を進みます。
森を進んだ先には大きな時計台がシンボルのクロックタウンに出ます。その世界はカーニバルが行われる3日後に月が落ちてくるという噂が流れていました。
デクリンクは困難を乗り越え、カーニバル当日の夜に時計台の上でスタルキッドに迎え撃つことになります。だが、月はもう目の前で今にも落ちてしまうところでした。そこでスタルキッドのもとにいたチャットの弟のトレイルが「森・山・海・谷の人達をここに連れてきて」と言います。が、まだ意味がわかりません。時のオカリナを持っているスタルキッドにデクリンクはバブルで時のオカリナを奪い、時のうたを吹きます。
するとリンクは3日前、まだ月が落ちていない世界へ戻っていました。そこで出会ったお面屋に癒しのうたを教えてもらい、リンクのデクナッツの呪いがとけます。お面やはスタルキッドの持っているムジュラの仮面を取り返してきてほしいと言います。
トレイルの言った「森・山・海・谷の人達をここに連れてきて」という言葉を思い出し、リンクは森に向かいます。
3日間の時を時のオカリナで遡ることを繰り返し、森・山・海・谷の巨人たちを見つけ出します。
そして3日後の時計台の上で再びスタルキッドに迎え撃ちます。リンクは巨人を呼び出し、月を止めてもらいます。
これで終わり・・・と思ったが、ムジュラの仮面がスタルキッドから離れ月の中へ入り月の力は強まります。リンクも月の中へ追いかけます。
月の中の世界でリンクは4人の子供たちと鬼ごっこをします。4人の子供たちとおにごっこが終わると、リンクは鬼神の仮面を受け取り、最後の子ども（ムジュラの仮面）と戦います。
ムジュラの仮面を倒したリンクの活躍により、月が無くなり、無事クロックタウンではカーニバルが行われました。
そしてスタルキッドたちに、「また会える」と約束し、クロックタウンを後にし、また旅を続けます。
ムジュラの仮面のシステムは？ゼルダの伝説
3日間システム
本作では、主人公のリンクがクロックタウンを訪れてから3日後（72時間後）までに月の落下を阻止することが冒険の目的となる。
ゲームの中では会話中やメニュー画面を開いている時などを除いて常に時間が経過し（現実世界の経過速度とは異なる）、12時間ごとに「最初の朝（AM 6:00 – ）→最初の夜→次の日の朝→次の日の夜→最期の朝→最期の夜」と変化していく。72時間が過ぎてしまうと世界が滅亡してゲームオーバーとなり、最後にセーブした状態からやり直すことになる。
滅亡の前に「時のオカリナ」を用いて「時の歌」を演奏することで、その時の状態をセーブして「最初の朝」のAM 6:00に戻ることができる。ただし、この際にセーブされるのは、一部の重要アイテムや仮面・お面（後述）、銀行に預けたルピー（お金）などに限られ、それ以外のアイテムや所持金は全て失うことになるほか、タイトル画面には戻れなくなる。また、人々との会話内容やクリアしたイベント、ダンジョン内の仕掛けも全て初期化される。
このように、限られた3日間を繰り返しながらゲームを進めていくシステムを「3日間システム」と呼んでいる。
なお、『ムジュラの仮面 3D』では「時の歌」で最初の朝に戻ってもセーブされず、変わりに各所にセーブ地点が設置されている。また、日本国外版や『ゼルダコレクション』版では中断セーブができる。
仮面・お面
全部で24種類の「仮面」と「お面」があり、被ることでいろいろな効果が得られる。特に「仮面」を被るとリンクの姿が大きく変化して「デクナッツリンク」「ゴロンリンク」「ゾーラリンク」「鬼神リンク」となり、様々な能力が備わる。詳しくは後述の「仮面・お面」を参照。
ボンバーズ団員手帳
前述のように本作では物語の中で常に時間が経過し、登場人物たちも日にちや時間に応じて様々な行動をとる。ゲームの序盤で手に入る「ボンバーズ団員手帳」には、リンクが出会った人々の行動スケジュールなどの情報が記録される。
Z注目
前作『時のオカリナ』にも搭載されていた機能。リンク周辺の人、物、敵に注目マークが表示されている時にコントローラのZボタンを押すと、対象のものに自動で注目（ロックオン）できる。これにより、人と会話したり、物をチェックしたり、敵に狙いを定めたりできる。今作では妖精の「チャット」がアイコン役となる。
その他
従来のシリーズとは異なり、ハート（体力）が0になってもゲームオーバーとはならず、エリアの入り口からハートが3つの状態で再開される。
